Celiaquía clásica: Este tipo es el más fácil de diagnosticar, ya que manifiesta los síntomas comunes de la enfermedad. La celiaquía clásica obedece al factor genético, causa atrofia en las vellosidades y suele ser diagnosticada en la infancia.

Celiaquía asintomática: También se le conoce como celiaquía silenciosa, porque no manifiesta ningún síntoma, a menudo se diagnostica porque la persona tiene antecedentes familiares de enfermedad celíaca, resultando positivo a las pruebas y, aunque no presenta signos de la patología, si muestra daños intestinales, lo que resulta muy peligroso, pues al no estar consciente de los daños, ni cumplir con una dieta apropiada puede desarrollar enfermedades graves a largo plazo.

Celiaquía latente: El diagnóstico de este tipo de celiaquía es algo extraño, ya que el paciente aún consumiendo gluten puede o no presentar síntomas, sin daño en las vellosidades del intestino, sin embargo la genética es positiva. Con el tiempo este tipo de pacientes desarrollará la enfermedad.

Celiaquía potencial: El paciente cuenta con predisposición genética y las pruebas serológicas son positivas, aún así no presenta daños intestinales, por lo que es probable que con el transcurso de los años el paciente desarrolle la enfermedad si no inicia la dieta adecuada sin gluten.

Celiaquía refractaria: Suele manifestarse en personas mayores de 50 años, quienes llevan mucho tiempo comiendo gluten y al ser diagnosticados con la enfermedad no responden satisfactoriamente al tratamiento, pese a someterse a una dieta sin  gluten, su organismo no obedece a la variación alimentaria, lo que resulta altamente peligroso, quizás el tipo más peligroso de celiaquía